Last Updated on 08.07.2021 by admin
Использование методологии полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) для анализа данных секвенирования всего генома мутаций SARS-CoV-2 и данных о смертности от COVID-19 может помочь идентифицировать высокопатогенные варианты вируса, которые должны быть помечены для сдерживания, согласно Гарвардскому Т.Х. Чану. Исследователи Школы общественного здравоохранения и Массачусетского технологического института.
Используя эту биостатистическую методологию , исследователи определили мутацию в варианте, известном как P.1 или Gamma, как связанный с повышенной смертностью и, потенциально, большей трансмиссивностью, более высокими показателями инфекций и повышенной патогенностью до того, как вариант P.1 был идентифицированы.
Методология команды описана онлайн 23 июня 2021 года в журнале Genetic Epidemiology.
«Основываясь на нашем опыте, методология GWAS может предоставить подходящие инструменты, которые можно использовать для анализа потенциальных связей между мутациями в определенных местах вирусных геномов и исходом заболевания», – сказал Кристоф Ланге, профессор биостатистики Гарвардской школы Чана и старший автор статьи. . «Это могло бы обеспечить лучшее обнаружение в реальном времени новых вредоносных вариантов / новых вирусных штаммов при пандемиях».
Первые пациенты в Бразилии с вариантом P.1 были зарегистрированы в январе 2021 года, и в течение нескольких недель этот вариант вызвал всплеск случаев в Манаусе, Бразилия. Город уже сильно пострадал от пандемии в мае 2020 года, и исследователи полагали, что жители города достигли иммунитета, потому что очень многие люди в этом районе выработали антитела к вирусу во время этой начальной волны. Вместо этого P.1, который имеет несколько мутаций в белке-шипе, который вирус использует для прикрепления к клетке-хозяину и вторжения в нее, вызвал вторую волну инфекций и, по-видимому, имел более высокую трансмиссивность и с большей вероятностью мог вызвать смерть, чем предыдущие варианты. в области.
В сентябре 2020 года, за несколько месяцев до того, как был задокументирован первый пациент P.1, Гарвардская школа Чана и команда Массачусетского технологического института изменили методологию, используемую в GWAS, которая широко используется для связи определенных генетических вариаций с конкретными заболеваниями, чтобы выявить относительную патогенность различных заболеваний. Мутации SARS-CoV-2 . Команда искала связи между каждой мутацией одноцепочечной РНК вируса SARS-CoV-2 и смертностью 7548 пациентов с COVID-19. Данные для исследования были получены из базы данных глобальной инициативы по обмену данными о птичьем гриппе (GISAID), которая содержит генетическую последовательность и соответствующие клинические и эпидемиологические данные, связанные с SARS-CoV-2 и вирусами гриппа.
Исследователи обнаружили одну мутацию – в локусе 25 088 п.н. в геноме вируса – которая изменяет белок спайков и была связана со значительным увеличением смертности пациентов с COVID-19. Команда отметила вариант с этой мутацией, который позже был идентифицирован как часть P.1.
По мнению исследователей, биостатистическая методология команды должна иметь более широкое применение, помимо варианта P.1 и SARS-CoV-2.
«Мы ожидаем, что этот подход будет работать в аналогичных сценариях, связанных с другими заболеваниями, при условии, что качество данных, собранных в общедоступных базах данных, будет достаточно высоким», – сказал Георг Хан, научный сотрудник и преподаватель биостатистики в Гарвардской школе Чана и соавтор книги. бумага.
Загрузка...
