Исследователь определяет группы генов, работающие в субрегионах мозга.

Исследователь определяет группы генов, работающие в субрегионах мозга.

Вы должны сначала понять, как что-то работает нормально, прежде чем сможете понять, почему это сломано.

Это идея, лежащая в основе исследования мозга Юкинга «Ирис» Хэнг, аспиранта Университета Клемсона, которая учится на докторскую степень по биохимии на факультете генетики и биохимии Колледжа наук.

Ханг изучает, как гены взаимодействуют в нормальном мозге .

«Изучая признак болезни, нам всегда нужно сравнивать эту черту с нормальным состоянием», – сказала она.

В статье, опубликованной недавно в Scientific Reports, под названием «Исследование биомаркерного потенциала региональных сетей коэкспрессии генов мозга» описывается исследование Хэнга.

Hang использовал профили экспрессии генов RNA-seq из проекта Национальных институтов здравоохранения по экспрессии генотипов и тканей (GTEx) и программное обеспечение под названием Knowledge Independent Network Construction (KINC) для сортировки тысяч генов по группам генов, которые объединяются в определенных частях нормального человеческий мозг. KINC разработали профессор Клемсона Алекс Фелтус и бывший аспирант Стивен Фиклин, который сейчас является доцентом Вашингтонского государственного университета. Ханг учится в лаборатории системной генетики компании Feltus.

Затем Ханг построил шесть сетей коэкспрессии мини-генов для нормально функционирующего мозга и провел дополнительные статистические тесты, чтобы выявить корреляции между генами и клеточными путями в мозге. В сети коэкспрессии генов два гена с высокой вероятностью взаимодействия друг с другом будут связаны линией, называемой ребром.

В ходе своего анализа Ханг обнаружила группы генов, работающих во всех частях мозга, но только в мозге, а также обнаружила группы генов, работающих в субрегионах мозга.

«У нас есть биомаркеры мозга – гены, которые попарно экспрессируются в разных тканях мозга, – которые свидетельствуют о том, что они, вероятно, делают что-то нормальное в тех тканях, которых не делают в других тканях. У них есть некоторая коллективная функция», – Фелтус сказал. Теперь исследователи могут протестировать каждую из этих групп генов, чтобы увидеть, изменяются ли пары генов при опухолях мозга или у людей с ограниченными интеллектуальными возможностями.

«Теперь мы знаем, какие гены нормально взаимодействуют в мозге, а затем мы можем проверить, не существует ли этих взаимодействий при болезни», – сказал он.

Ссылка на основную публикацию